Thời kỳ Kamakura được đánh dấu bằng sự chuyển dần quyền lực từ giới quý tộc sang các thủ lĩnh samurai hùng mạnh ở địa phương. Đây là thời kỳ diễn ra những chuyển đổi mạnh mẽ về chính trị, xã hội và văn hóa của Nhật Bản. Mạc phủ hay chính quyền của các thủ lĩnh samurai (shogun) ra đời, kiểm soát đất nước từ căn cứ ở Kamakura, tỉnh Kanagawa ngày nay. Vì Thiên hoàng vẫn là người đứng đầu trên danh nghĩa nên một hệ thống chính quyền kép, nơi Thiên hoàng trị vì nhưng các shogun nắm thực quyền, đã được thiết lập và tồn tại trong gần bảy thế kỷ tiếp theo.
Bối cảnh
Từ thế kỷ thứ 10, chính quyền Nhật Bản tại Heian với Thiên Hoàng là trung tâm quyền lực đã suy yếu, quyền quản lý địa phương dần rơi vào tay các thủ lĩnh quân sự và gia tộc có thế lực lớn. Nhiều thủ lĩnh xây dựng lực lượng quân đội riêng, các võ sĩ đoàn xuất hiện và lực lượng võ sĩ (samurai) dần trở thành đẳng cấp trung tâm của xã hội.
Đến giữa thế kỷ 12, tình hình xã hội trở nên hỗn loạn khi các nhóm võ sĩ đấu đá lẫn nhau để tranh giành quyền lực, một số thủ lĩnh samurai ở địa phương ngày càng gây áp lực và đối đầu với chính quyền trung ương. Vì thế, triều đình phải nhờ đến sự hậu thuẫn của các tập đoàn võ sĩ tin cẩn, nhưng chính điều này lại làm gia tăng sự lệ thuộc của triều đình vào lực lượng samurai, khiến quyền lực dần chuyển dịch về tay các thủ lĩnh quân sự.
Chính quyền shogun đầu tiên
Cuối thế kỷ 11, gia tộc Minamoto (còn được gọi là Genji) đã được công nhận là gia tộc quân sự hùng mạnh nhất vùng Đông Bắc sau khi đánh bại một số nhóm địa phương khác.
Vào giữa thế kỷ 12, gia tộc Minamoto đã đụng độ với gia tộc Taira (hay Heike) - gia tộc chi phối quyền lực hoàng gia và chỉ huy một vùng phía Tây quan trọng bao gồm khu vực xung quanh Kyoto. Hàng loạt các cuộc xung đột đã diễn ra với đỉnh điểm là Chiến tranh Genpei (1180-1185), cuộc chiến kết thúc với sự thất bại của gia tộc Taira.
Sau khi đánh bại phía Taira trong Trận Dan-no-ura năm 1185, người đứng đầu gia tộc Minamoto là Minamoto Yoritomo đã giành được quyền lực từ tầng lớp quý tộc, và về mặt chính trị, hạ bệ Thiên hoàng và triều đình xuống thành một chính quyền bù nhìn.
Đến năm 1192, Thiên hoàng Go-Toba chính thức thừa nhận địa vị chính trị hợp pháp của Yoritomo với tư cách là người chỉ huy cao nhất về quân sự, khi trao cho ông danh hiệu “Sei-i Taishogun” (Chinh Di Đại Tướng Quân). Từ đây, Yoritomo trở thành tướng quân (shogun) đầu tiên của nước Nhật.
Cho đến trước thời điểm đó, Nhật Bản vẫn được cai trị bởi triều đình ở Heian (Kyoto ngày nay), và đây là lần đầu tiên một cơ quan quản lý được đặt bên ngoài triều đình, gọi là Mạc phủ (幕府 - Bakufu). Minamoto Yoritomo cai trị từ năm 1192 đến năm 1199 từ dinh thự của gia tộc tại Kamakura, cách Edo (Tokyo ngày nay) khoảng 30 dặm về phía nam.
Sự kiện này đã mở ra một thời kì nắm quyền lãnh đạo của lực lượng võ sĩ trong lịch sử Nhật Bản, được chia làm ba giai đoạn: Mạc phủ Kamakura (1185-1333), Mạc phủ Muromachi (1336-1590) và Mạc phủ Tokugawa (1600-1868).
Sau khi nắm quyền lực, Yoritomo đã thành lập một loạt các tổ chức cần thiết cho việc cai quản, bao gồm Kumonjo để giám sát các vấn đề chính phủ và tài chính, Monjujo để giải quyết các vụ kiện tụng như tranh chấp đất đai, Shugo và Jito để quản lý các lãnh địa và thực hiện vai trò cảnh sát.
Nhiếp chính Hojo
Tướng quân Minamoto Yoritomo ước mơ thành lập triều đại chiến binh do gia tộc Minamoto đứng đầu, nhưng ước mơ đó sớm bị dập tắt sau khi ông qua đời vào năm 1199, ở tuổi 53 vì ngã ngựa. Người kế vị của ông là các con trai Yoriie (1182-1204) và Sanetomo (1192-1219) lần lượt trở thành shogun nhưng đều chỉ giữ vai trò bù nhìn và đều bị ám sát khi đang tại vị. Quyền lực trong Mạc phủ rơi vào tay gia tộc Hojo, một chư hầu hàng đầu của Yoritomo.
Gia tộc Hojo trước đó đã thành lập liên minh với Minamoto Yoritomo trong Chiến tranh Genpei thông qua cả hỗ trợ về quân sự và liên hôn. Hojo Tokimasa đã giúp Yoritomo đánh bại lực lượng Taira để trở thành shogun đầu tiên của Nhật Bản. Còn Hojo Masako, con gái của Tokimasa, thì trở thành vợ của vị tướng này.
Sau cái chết của Yoritomo, Tokimasa tự bổ nhiệm mình làm shikken (nhiếp chính) cho shogun kế vị, bởi gia tộc Hojo không có cấp bậc để đề cử một shogun từ các thành viên của mình. Kể từ thời điểm này, shogun trở thành bù nhìn trong khi quyền lực thực tế do nhiếp chính từ gia tộc Hojo nắm giữ. Chế độ này đã tồn tại tổng cộng 135 năm, với 9 shogun và 16 nhiếp chính.

Khi người bảo vệ cho Thiên hoàng là shogun cũng chỉ là những con rối, căng thẳng đã xuất hiện giữa Kyoto và Kamakura. Vào năm 1221, Chiến tranh Jokyu nổ ra giữa Thiên hoàng Go-Toba (lúc này đã thoái vị nhưng vẫn nắm quyền lực) và nhiếp chính thứ hai Hojo Yoshitoki.
Nhà Hojo đã dễ dàng giành chiến thắng, và từ đây triều đình nằm dưới sự kiểm soát trực tiếp của Mạc phủ. Sau chiến tranh, Mạc phủ Kamakura đã tịch thu khoảng 3.000 vùng lãnh thổ thuộc về Thiên hoàng Go-Toba và phân chia chúng cho các chư hầu có uy tín bằng cách bổ nhiệm họ làm Jito.